江戸時代までは祇園社、または感神院と称した。
創祀は社伝によれば斉明天皇二年(656)、高麗より渡来した使節の伊利之(イリシ)が新羅国の牛頭山に坐した素戔嗚尊を奉斎したことに始まるとされ、平安遷都の延暦十三年(794)以前よりこの地に祀られていたとされる。
貞観十一年(869)疫病流行の際、当社の神にお祈りして始まったのが祇園祭である。平安時代には二十二社の一に数えられ、朝廷から厚く崇敬された。
平清盛の田楽奉納、源頼朝の狛犬奉納、足利将軍家も社領の寄進、修造を行います。
豊臣秀吉は母 大政所の病気平癒を祈願し大塔を再建。徳川家康は社領を寄進、家綱は現存する社殿を造営。武家の崇敬も厚かった。