「舎利殿」・「石不動尊」の2種類の御朱印をいただけます。御朱印帳は、金閣寺が金の糸で刺繍されたデザインです。

通常は4種類の御朱印をいただけます。「和魂漢才」など、菅原道真ゆかりの言葉が書かれたものです。
このほか、季節限定の御朱印（書き置き）も頒布されます。

葵の印が押された御朱印をいただけます。
毎月第2・4日曜に摂社新宮神社の御朱印が頒布されます。

水の神様として農漁業や醸造業者からの信仰を集めています。貴船山に多く自生した貴船菊が御朱印になっています。

主祭神の織田信長の印章「天下布武」の御朱印がいただけます。

「花鎮めのやすらい祭」で知られる今宮神社の印は、桜に「鎮花」の文字が記されたものや花傘のモチーフが可愛いです！

蓮華座に火炎宝珠と梵字の御朱印。本堂は京都市内最古の仏堂建築物です。

神紋「有職桐」が御朱印になっています。