明治20年5月20日、
陸軍屯田兵歩兵第一大隊第三中隊が開拓使札幌本府の北方、新琴似の地に入植。
入地後ほどなく中隊本部（現在・札幌市有形文化財指定）の東方、
浄泉の湧き出る四神相応の浄地を相してその社地と定め、小規模ながら、
天照皇大御神・豊受大神・神武天皇の三柱の神を奉斎する神祠が営まれ、
開拓の守護神として御鎮斎されたのが、新琴似神社の創祀である。

明治39年 5月19日、奉遷式（奥殿造築）斎行。
大正 2年 9月21日、奉遷式（社殿御造営）斎行。
大正 6年 3月 3日、内務省より創立許可。
大正14年 6月30日、村社列格。
　　同年 9月11日、神饌幣帛料供進神社指定。
昭和 6年12月25日、社務所新築竣功。
昭和28年 2月27日、北海道より宗教法人（神社本庁包括）認証。
昭和40年10月20日、本殿遷座祭（社殿・社務所改築）斎行。
同年11月 8日、奉祝臨時大祭斎行。
同年11月18日、祖霊殿鎮座祭斎行。
昭和60年 9月15日、社務所改築竣功。
平成18年 9月19日、本殿遷座祭（社殿・社務所増改築）斎行。
同年 9月23日、祖霊殿遷座祭斎行。
平成19年 6月20日、御鎮座百二十周年記念大祭斎行。
平成27年 9月23日、祖霊殿鎮座五十年式年大祭斎行。
平成29年 6月 5日、鎮座百三十年記念大祭斎行。

氏子世帯数3万5千世帯・崇敬者数10万人。