仁和寺は光孝天皇の勅願で仁和2年（886年）に建て始められたが、同天皇は寺の完成を見ずに翌年崩御した。遺志を引き継いだ宇多天皇によって、仁和4年（888年）に落成し、「西山御願寺」と称されたが、やがて年号をとって仁和寺と号した。宇多天皇は出家後、仁和寺伽藍の西南に「御室」（おむろ）と呼ばれる僧坊を建てて住んだため、「御室（仁和寺）御所」の別称がある。なお、「御室」の旧地には現在、「仁和寺御殿」と称される御所風の建築群が建つ。御所跡地が国の史跡に指定されている。
仁和寺はその後も皇族や貴族の保護を受け、明治時代に至るまで、覚法法親王など、皇子や皇族が歴代の門跡（住職）を務め（最後の皇族出身の門跡は、伏見宮純仁法親王、後の小松宮彰仁親王）、門跡寺院の筆頭として仏教各宗を統括していた。非皇族で仁和寺門跡になった人物に九条道家の子法助と足利義満の子法尊の2名がいるが、ともに当時の朝廷における絶対的な権力者の息子でかつ後に准后に叙せられるなど皇族門跡に匹敵する社会的地位を有していた。
室町時代にはやや衰退し、応仁の乱（1467年-1477年）で伽藍は全焼した。応仁の乱の最中、本尊の阿弥陀三尊は持ち出され、焼失を免れた。仁和寺が本尊と共に、双ヶ丘の西麓へ移された時期があった。
近世になって、寛永年間（1624年-1644年）、徳川幕府により伽藍が整備された。また、寛永年間の皇居建て替えに伴い、旧皇居の紫宸殿、清涼殿、常御殿などが仁和寺に下賜され、境内に移築されている（現在の金堂は旧紫宸殿）。 この江戸期の再建に際しては、仁和寺の僧・顕証の力に依るところが大きい。門跡の補佐として、仁和寺再建に尽力した。仁和寺で使われている軒丸瓦(仁和寺の寺号入り）のデザイン、再建される伽藍の配置構想や金堂に祀る仏尊の選定を行った。仁和寺の霊宝館に顕証上人像が収蔵されている。その像は小さく、衣体も顕証が普段に使っている袈裟を身に付けているという。顕証は質素であったことをしのばせる姿である。　また、経典・密教経典の儀軌などの聖教・仁和寺に伝わる古文書の管理・収蔵のために経蔵の建立を発願し、完成させた。