妙光山本昌寺は、寛永１１年（１６３４）５月２６日、堯蔵院日受上人によって創立されました。
向かいにあった蓮華山妙法寺（寛永１７年（１６４０）に創立）と明治２７年に合併。
妙法寺の寺号は、河内の福泉町へと移されました。
現在の本昌寺の場所は、旧妙法寺のお寺があった場所になります。

阪神淡路大震災の影響で、築２００年近い本堂が傾き、その年より本堂、客殿、庫裏の建て替え工事を計画。
日蓮宗の立教開宗（日蓮宗の誕生）７５０年に当たる平成１４年４月、当山檀信徒各位様、有縁の方々のご尽力のもと、無事完成落慶を迎え現在に至る。

当山の第二祖には日蓮宗を代表する高僧、心性院日遠上人という先師がいらっしゃいます。
６歳で出家し１６歳で法華経を講じるその姿は、神童として称えられたとの記録があります。
総本山である身延山久遠寺の法主（実質上宗門のトップ）も勤め、その際には徳川家康公より「念仏無間はそらごとである」との誓状を出せとの命令に、身延山久遠寺の山主としての立場からその命令に従わず、結果家康公を激怒させた。
この時家康公の側室であり、かねてから日遠に帰依しておられた養珠院お万の方が、ともに処刑されることを家康公に願い出て、その堅固な信仰心に感じ入り日遠上人を赦免したとされている。

晩年は鎌倉に身を置いたとされ、養珠院お万の方をはじめ、たくさんの方が日遠上人のもとを訪れている。