湯島天満宮（湯島天神）は、雄略天皇二年（458）一月勅命により創建と伝えられ、天之手力雄命を奉斎したのが始まりである。降って正平十年（1355）二月郷民が菅公の御遺徳を慕い、文道の大祖と崇め本社に勧請しあわせて奉斎した。文明十年（1478）十月太田道灌これを再建し、天正十八年（1590）徳川家康公が江戸城に入るにおよび、特に当社を崇敬するに篤く、翌十九年十一月豊島郡湯島郷の内五石の朱印地を寄進し、もって祭祀の料にあて、泰平永き世が続き、文教大いに賑わうようにと菅公の遺風を仰ぎ奉ったのである。
　その後、学者・文人の参拝も絶えることなく続き、林道春・松永尺五・堀杏庵・僧堯恵・新井白石などの名がみえる。将軍徳川綱吉公が湯島聖堂を昌平坂に移すにおよび、この地を久しく文京の中心としていよいよ湯島天満宮を崇敬したのである。
　明治五年（1872）十月には郷社に列し、次いで同十八年（1885）八月府社に昇格した。明治維新以前は、上野東叡山寛永寺が別当を兼ね、喜見院がその職にあった時期があった。元禄十六年（1703）の火災で全焼した際、宝永元年（1704）将軍綱吉公は、金五百両を寄進している。
　明治十八年に改築された社殿も老朽化が進み平成七年十二月、後世に残る平成の文化財として、総檜造りで造営された。