当神社明細書に「明治35年創祀以来富良野神社と称し、富良野村総鎮守たりしが、下富良野村分村以来上富良野神社と号す」とある。当地が未歌志内戸長役場管轄下であった明治30年4月に開拓入植第1陣・三重県人の団体入植以来、全国各地より団体・個人の入植が順調に増加し、明治32年5月『富良野村』として戸長役場の分離独立にいたるまでに各入植地毎に小祀を奉祀していたが、上富良野村史旧原稿によると、明治35年3月、「当時本村は富良野村と称し現今の南富良野までの区域なりしが、役場所在地なる本市街地に氏神なきは遺憾なりとし、…中略…更に協議を重ね富良野総鎮守として社殿を建設することに決し、…後略…」とあり、社殿を建設、天照皇大神を奉斎し以て創祀となす。大正9年5月18日、内務省北社第2号を以て無格社として創立を許可される。大正12年8月7日、内務省北社第7号を以て村社に列せられる。