慶応年間から明治初期の北海道は、函館から江差、積丹、小樽と海路により 海幸を求め、新天地に夢を抱いた人々が北海の波浪を越え渡道してきた。特に小樽周辺は物資の補給や険しい陸路を避ける輸送の拠点とされていた。
　御鎮座地は往古アイヌ民族の祭場で、当時アイヌ民族が海に出漁し山野で 熊を狩る生活を営んでおり、海路安泰と海幸祈願、熊祭のため、この祭場に 「イナホ」を立て、酒饌を供し祭事を行っていた。「イナホ」とは木片を削り 祭具として用いたもので、アイヌ語で神を意味し、神社を指す。現在御鎮座 地周辺を稲穂町（いなほちょう）と呼ぶのはここからきている。
　当神社は明治9年国有地払い下げの折、『榎本武揚公』がこのアイヌ民族の 祭場に遠祖桓武天皇を合祀し、移民の安意を図るため「北海鎮護」と献額し 社を建立した。社名の由来は当時江差町に龍宮教会という海の神として信仰 の厚い社があり、明治天皇北海道ご巡幸の際、随行された有栖川宮熾仁親王 より「龍宮殿」と直筆の揮毫を頂き、明治15年に社名とし、龍宮殿と称した。 明治30年無格社に列格。その後、公爵一条実孝公より直筆にて「龍宮神社」 「敬神」の揮毫を頂き、大正5年龍宮神社と改称、村社に列格。大正7年村 社小樽伏見神社を境内に移植。昭和3年郷社に列格。昭和16年社殿を改築 し、現在に至る。