昭和８年、札幌市中央区の中央寺４世尾崎文英和尚が、道内および旧樺太に在住の青年僧侶や一般檀信徒のための、研修道場として計画開創したのが浄国寺です。開基は小川耕助氏で、寺領１５０００坪と伽藍一宇を寄進されました。尾崎文英和尚は、修行参学の恩師である大本山総持寺４世 、西有穆山禅師を開山に奉請ぶじようしました。
三角山の裾に位置することから、山号を瑞圭山ずいけいざん（圭は先のとがった玉の意＝三角山）とし、恩師、西有禅師の禅師号「直心浄国禅師穆山瑾英大和尚」から寺号を浄国寺としました。