天明5年、松前藩の請負人村山伝兵衛が宗谷在駐の際、北門鎮護の守護神として天照皇大神を奉斎し、小社を建立して、宗谷大神宮と称したことが創始として伝えられる。明治29年7月15日現在地に社殿を移築し、武甕槌神、事代主神を合祀して、北門神社と称した。明治35年11月19日に社殿を竣工したが、明治44年5月17日、稚内町山火のため建物全般消失した。大正2年7月30日、本殿拝殿再建落成の上遷座祭が斎行され、大正5年3月24日、村社に昇格した。大正14年2月24日、社務所建物が寄進され、昭和8年9月30日、郷社に列せられた。昭和53年10月、社殿及び神輿殿が竣工し遷座祭が斎行された。昭和54年10月、社務所を改築竣工した。平成8年6月25日、授与所新築した。