明治26年、湧別原野が開放され、農民が移住してくる。明治35年、北海道同志教育会が私立大学を創設する目的で開かれた町である。明治37年、ナラの木の尺角のくいを建立し、日露戦争の戦勝祈願を行った。大正5年、3.3㎡の神明造り神殿を建立し、現在の祭神を奉斎した。大正9年、川村喜作が白滝村から来住し初代社掌に就いた。大正13年7月17日、内務省から遠軽神社創立の認可を受け、大正14年10月13日、村社に列せられる。昭和8年2月、川村社掌死亡の為、照井幸助を2代目社掌として迎える。昭和15年、紀元二千六百年記念事業として、工費71000余円を以って社殿を改築造営し、同年11月23日に竣工する。
平成16年、御創祀百年記念事業として本殿改修工事を行う。
平成17年、本殿に引き続き社務所を新築。