熊野川の河口近くに位置し「浅州処」を守護し航海・延命・生産・発育の御霊力を持つと言われています。第五代孝昭天皇五十三年三月の創祀と伝わり、古い記録には熊野権現は、初め神倉山に降り、次に阿須賀の森に移ったと記されています。新宮が初め書物に文字として登場したのは、熊野神邑でありますが、熊野神邑は当神社の古名であり、神威発祥の地として広く人々に敬われました。「中右記」「平家物語」にも当社への参詣記録が見えるなど、熊野詣の隆盛に伴い当社も発展してきました。歴代の有力者達からも深い信仰を集め、元享二年（1322）には阿須賀権現が現在の東京北区飛鳥山へ勧請されるなど全国各地に当社の末社が見られます。
境内からは、弥生〜古墳時代の住居跡や祭祀跡遺跡が発見され、社殿背後の蓬莱山から大量の御正体が出土しており、熊野最古の原始信仰形態を実証し、権現発祥源として確認されました。
また蓬莱山には、中国の秦時代に始皇帝の命を受け、不老不死の霊薬を求めて旅だった徐福の伝説が残っています。