明治18年、翌19年、九州各県・山口・広島・岡山・鳥取の各県から野幌屯田兵の入植により原始の密林を開拓し、入植者の「心のよりどころ」として明治22年伊勢皇大神宮から御分霊を奉斎したのが始まりである。昭和62年には御鎮座百年を迎えた。
創祀当時は「錦山神社」として野幌地域の鎮守、五穀豊穣の神として崇拝されていた。
昭和48年、九州太宰府天満宮から菅原道眞公の御分霊を奉戴し、錦山天満宮と改名して以来「天神さま」の御神徳を仰ぎ今日に至る。平成2年には、太宰府天満宮より御神納の梅の苗木を賜り、境内には梅園が造成された。また、受験シーズンになると、近くの中学・高校生を始め道内各地の受験生が合格祈願に訪れる。