社伝によれば、神様が菅の船で西の湖を渡り、山を降って河内（こうず）の地に至り、当時災害に苦しめえられていた人々を救ったと伝わっております。さらには、当時川底から発見された瑞玉をこの神様に捧げ御神体とし、寛平元年（889）に猿田彦大神をご祭神とする「河内明神」（こうずみょうじん）が創建されました。
享保7年（1722）、二本松藩主丹羽秀延公の時代。
江戸屋敷「矢の蔵」護衛の任にあたっている時、江戸の大火に遭遇したが、河内明神の神護により事なきを得たことから、以来丹羽家のご信仰が益々篤くなり、天明3年（1783）、天照大御神、月読尊二柱の神を合わせてお祀り申し上げ、社号を「菅船神社」と改称されました。
菅船神社は「河内の明神さま」の名で親しまれ、地元はもとより遠方の崇敬者からも篤く信仰されています。
※猿田彦大神は、神話の「天孫降臨」に登場する神様です。天孫「ニニギノミコト」を高天原（神々が住まわれる世界）から日向への途中で出迎え、先導し道案内をを申し出た神様です。