本社は明治22年奈良県十津川村の有する吉野郡一帯の豪雨により、生活の方途を失った人々が北海道へ移住する事に端を発し、明治24年1月14日に本村役場側に仮殿を設けて、奈良県十津川の玉置神社5柱の御分霊を奉斎した。同27年6月24日、本村上徳富のシスン島に仮殿を建築、同31年水害により現在の高台に奉遷し、同33年9月には社殿を造営、更に大正4年には現在地に社殿を新築した。母村、玉置神社は上代神武天皇がご東征の折玉置山で休まれたと伝えられ白河法皇9回、鳥羽法皇は20数回、後白河法皇は32回、後鳥羽法皇31回、後嵯峨法皇2回、亀山上皇1回という大変な数の参拝を数えると伝わる。本社は玉置神社と同名にて奉斎し大正4年に大正天皇ご大典記念として社殿を新築。その間明治28年8月24日公認神社として認可され、大正4年12月21日に村社、昭和5年8月に郷社、同18年1月15日に県社となった。さらに昭和42年社名変更をし新十津川神社となる。平成2年に鎮座100年を迎え母村十津川村より杉、桧材を奉納賜り本殿、社殿、廊下、社務所を改修、神饌所を新築、平成9年神前を横断する車道と2曲りしている参道を直線に改修し現在に至る。