白鷺神社は、奈良時代の延暦（えんりゃく）二年（西暦７８３年）に、国内に疫病が大流行した時、国守（こくしゅ）平松下野守（かみ）　文屋高島（ふんやのたかしま）が「日本武尊（ヤマトタケルノミコト）」の神託により、疫病退散の祈願のため一祠を建てて祀ったのが始まりと伝えられている。
また、南北朝時代の康暦（こうりゃく）二年（１３８０年）小山義政（よしまさ）の軍が上三川城を攻めたとき、神社の森に群れて飛び交う白鷺を上三川城の伏兵の旗と見誤り、戦わずして退去したという逸話があり、お城を守った神様と白鷺に城下の人々は感謝し、その時より白鷺明神と言われるようになったと伝えられている。