文禄3年（1594）5月、近江国柳川村田付城主田付景春が、3代目兵庫介景輔の3男景豊に奥羽地方の漁民を誘導し、　西蝦夷地フウーレ（神恵内）を開発した。
慶長8年（1603）5月田付家居城の例に習い、保食神を祭神として創祀。
承応元年5月15日、漁業並に航海等に威徳を垂れ給う神霊を祀り将来の隆昌を祈らんと、主祭神に安芸国宮島の　厳島宮より市岐島姫大神、配神に播磨国海神社より大綿津見神、讃岐国金毘羅宮より大国主大神を祀る。
宝暦2年（1752）5月15日、領主12代松前若狭守資広公より富留（古宇）総鎮守大弁財天の社号を賜る。
天明2年（1782）5月、領主松前道広公自筆の神号額を付けられ、松前家崇敬神社21社の格式となる。
安政2年（1855）2月、社号を厳島宮とする。
明治4年社号を厳島神社と改称す。
明治8年郷社に列せられる。明治33年4月21日、神恵内大火の為、社殿を焼失。
明治43年本殿、大正元年、幣殿・拝殿を造営。
平成10年7月社殿改修現在に至る。
平成14年7月15日、御鎮座350年式年大祭を斎行。