明治14年8月本町開基が端緒につくと、樺戸監獄の官吏の官舎建設続々と見られると共に、庶民の来住するもの漸次その数を加え、日ならずして市街の體を整えるに至ると住民は神社の建立を相謀り、明治15年6月計画を樹て同月下旬建立に着手すると共に、札幌神社に御分霊を奉請、同年11月1日を卜して奉遷、社名も樺戸神社と改称した。御分霊奉遷の際札幌神社宮司奏上したる祝詞が保存されている。明治28年5月、小学校火災により類焼し須部都川畔に造営遷座した。大正11年5月9日村社に列せられ、同年6月4日には神饌幣帛料供進神社に指定される。昭和15年10月、皇紀2600年と開村60年を記念し御造営遷座するも昭和45年須部都川築堤工事に伴い移転のやむなきに至り同年8月現在地に移築遷座した。