明治初期櫻ケ杜の聖地を神地と卜し、天照皇大神宮と謹書し木碑を建てた。明治35年9月社殿(1坪5合)を造営し、明治42年8月伊勢の神宮より天照皇大神の御神霊を請けて奉斎した。当時、小清水神社は只単に大神宮さんと唱えられ、その鎮座地より止別神社とも何時しか称えられたこともあり、その後、年と共に移住者が増加し、大正8年4月1日斜里村より分村した。氏子の敬神崇祖の念誠に篤く、大正11年社殿(20坪7合5勺)を造営し、更に大正14年社殿35坪5合を増改築し、福島県の相馬中村神社より天御中主神の御神霊を請けて合祀し、小清水神社と称する。大正14年12月1日神社創立申請をし、昭和2年4月2日内務大臣より公認神社として創立許可になる。昭和17年9月社殿を改修し、昭和17年9月9日村社に列せられ、同年9月16日神饌幣帛供進神社に指定される。昭和20年12月28日社格を廃し、昭和21年7月10日宗教法人の規定により、神社本庁所属神社として承認。昭和28年2月24日宗教法人の認証を受ける。昭和41年8月社殿(45坪)を造営し、同年8月27日遷座祭斎行現在に至る。神社境内は大自然に囲まれ、小清水神社の鎮座由緒は、小清水の開拓の歴史とともに尊ばれている。