当山は元は『妙恩寺』と称し内田郷小原町に建立。
慶長年間に不受不施禁令によって取り壊され、創立以来２５０年の記録は不詳。
当時安置されていた祖師像は津山に退避したという。

池田光政公岡山入城の砌、寛永９年４月２８日に妙福寺として復興・創立。

以後江戸・明治・大正と教線の拡張に邁進していたが、
昭和２０年６月２９日未明の岡山空襲にて境内地内全て消失、

同年１２月に仮本堂・庫裏を開堂。

昭和３６年４月に約３５０年前に津山へ退避した祖師像を再び本堂に安置。
また妙福寺内に「九識霊断法法術所・人生相談所」を開設し、教線を拡張する。

そして昭和５０年に鉄筋コンクリート作り２階建ての本堂・書院を再建。

平成１４年『立教開宗７５０周年記念事業』宗祖日蓮大聖人銅像を建立。

平成２８年『宗祖御降誕８００年事記念事業』管理墓地整備並びに合祀墓建立・境内鎮守石塔建立。