承和元年(834年)に天台宗増位山随願寺の鎮守として、比叡山の山王神社から勧請され、当時は山王権現と呼ばれていたそうです。
天正年間(1573~1592年)に三木城の別所長治の侵攻により焼失しましたが、慶長6年(1601年)池田輝政によって再興。
現在の社殿は、大正9年(1920年)に造営されたものです。
明治元年(1868年)に日吉神社と改称されました。
小児の夜泣き、癇虫・引付など虫封じの神様として崇拝されているそうです。
非常に静かな境内ですが、境内はこのあたりの方の通り道になっているようで、参拝中も何人かの方が境内を通り抜けて行かれました。
姫路市野里888