この神社は元矢倉神社と称していたが、明治四十二年、村内鎮座の天照皇大神宮 (木月字伊勢町二二七四番地鎮座)・ 八幡神社 (八幡町一六三三）・子ノ神社 (田中一九〇八)・ 八雲神社 (天王森一〇九九)・ 春日神社 (春日町一九七六)・ 天満神社 (中ノ町八一三)・ 白山神社 (上ノ町九九六)・ 稲荷神社 (稲荷町七三九)・ 諏訪神社 (諏訪町一三〇二)・ 神明神社 (上ノ町一〇三五) の十の神社を矢倉神社 (木月字矢倉四〇七鎮座）に合祀し当時の村名をとり、住吉神社と改称した。
矢倉神社の創建年代は詳らかでないが、江戸時代に書かれた武蔵風土記木月村の項に「矢倉明神社 村の乾によりてあり、社前に拝殿あり。祭神及び勧請の年暦詳ならず。村の記に寛永十五年建立せしよしあればこの時始めて造営せしものか、されどこのと全く社伝を失いたれば古より立ちたる宮を再建せしも又しるべからず。例大祭は毎年九月二十日」と書かれている。
大正末まで奥殿は瓦葺、拝殿は茅葺であったが、昭和初頭に拝殿を亜鉛葺にし、昭和三十四年、現在の社殿に建替えられた。
昭和四十七年一月、住吉会館建設。
昭和五十五年七月、参道、境内整備工事を行う。