永禄元年（1558）水戸城中に未だ日蓮宗の寺院がないことを嘆いて水戸城主江戸但馬守の要請によって、大本山中山法華経寺の日院上人の高弟で秀才であった正覚院日慈上人が水戸府下の上寺町に創建し、後に吉田の木澤新田を経て、現在の古宿の地に移った。天保14年（1843）藩命により廃寺となる。明治34年(1901)になって、宇都宮妙正寺より平山日鋼師を迎えて再興を計画したが、当の日鋼師の死によって中断してしまった。よって水戸の本行寺の大森日勝が師の遺志を引き継いで再建に精励し、本堂を建立。亡き日綱上人を以って中興の開基とした。当地は「宗祖弘長元年2月9日神道伝授のため吉田の里に来入す」と伝えられる聖域であります。