安政4年(1858)4月、松浦武四郎が奉持する八幡大神を、当地真龍に1祠を建て奉安し、且つ祭神無き集落を憂い氏の深慮より奉斎したのがその始まりと伝わる。その後、高畠清次朗・浜本彦松の両名が祠跡を修復、社殿を建立し、明治41年京都石清水八幡宮、伏見稲荷大社より御神体を勧請し、当時真龍村の氏神、真龍八幡神社として祀った。文献上、当神社創祠の年とする。大正14年造営並遷座。昭和16年現在地に移転、遷座。昭和19年旧参道50ｍのコンクリ-ト階段120段、当港駐留の海軍部隊の協力により完成奉納。昭和28年宗教法人、厚岸真龍神社（通称真龍神社）となる。昭和37年字名変更により真龍の地名が無くなる。昭和45現在の社殿造営、遷座祭を執り行う。同時に社務所を新築する。