大正13年10月20日、村内に神社がないのを遺憾として高橋惣太郎・坂本道夫・大口鶴五郎等が世話人となり、旧官幣大社札幌神社より開拓三神の御分霊を受け、東2条2丁目13番地に小祠を設けて奉斎したのが創祀である。昭和に入って開拓は進み戸数も増加し市街も充実してきたところから公認神社への昇格運動が起こり、昭和8年7月には士幌神社造営会が結成され、同年12月25日現在地に工費3700円で新社殿が竣工した。公認神社としての体裁を整えたところから、翌9年4月内務省に神社創立願を提出し、10年4月18日付けで無格社に列した。昭和11年3月13日付け村社に昇格。昭和29年宗教法人として認可された。昭和40年9月には建坪80.5坪の社務所が竣工した。昭和63年11月には士幌神社御造営奉賛会が発足し、平成3年9月10日諸工事が竣工し、同年9月13日遷座祭を執行、同年10月20日社殿・社務所竣工奉祝祭が挙行された。