今治市内各所にあった神明宮、座王八幡宮、蛭子宮（えびすぐう）、厳島明神の四社を廃藩の際、
今治城地が旧社地であったことから、明治５年に城内本丸跡に合祀鎮座されました。
その際、今治城の古名である吹揚城の名をとり「吹揚神社」としました。
その後、天満宮等市内の神社を次々と合祀され、多数の御祭神をお祀りすることになりました。
昭和１４年に新築しましたが、昭和２０年の空襲によって全焼。
昭和３３年には、戦災復興完了致し、昭和４７年神社御鎮座百年祭を実施。
昭和５５年９月放火により本殿拝殿等を全焼、昭和５８年３月に現社殿が竣工し、今日に至っています。