宇陀市室生で神社巡り中に見かけ寄らせていただきました。
御本尊は、薬師如来で病を癒す仏さんとして地域の人に親しまれています。寺に伝わる絵巻『長瀬山琴弾院長命寺縁起』によると、源義経が追手を逃れて流浪のときここに立ち寄り、病の平癒を願って琴を弾じたので『琴弾院』と称すると記されています。
また、北條時頼がここで病にかかり、琴を弾いて慰めたという伝承もあります。
旧初瀬街道沿いにあり、境内には琴弾峠跡の石碑があります。伊賀から大和に入ると最初にある峠で、振り返るとはるかに青山高原がかすんで見え、旅人が一息ついた眺望のいい峠だったそうです。