真ん中に大日如来、左下に根来寺と書かれ、真ん中に梵字の印、左下に総本山根来寺の印が押されています。
本坊・寺務所では根來寺を開かれた興教大師の御朱印、行者堂の御朱印、不動堂では不動明王と愛染明王の御朱印がいただけます。