真言宗十八本山 第17番 
紀伊之国十三仏霊場 第1番 
近畿三十六不動尊霊場 第34番 
神仏霊場巡拝の道 第9番

大塔（国宝） 
大師堂・大日如来坐像・金剛薩埵坐像・尊勝仏頂坐像（重要文化財） 
根来寺庭園（国の名勝） 
根来寺境内（国の史跡）

真ん中に大日如来、左下に根来寺と書かれ、真ん中に梵字の印、左下に総本山根来寺の印が押されています。
本坊・寺務所では根來寺を開かれた興教大師の御朱印、行者堂の御朱印、不動堂では不動明王と愛染明王の御朱印がいただけます。