保元年間（1156〜1158年）、平忠度が出雲国を治めていた時、能義郡富田の庄（現在安来市）に富田城を築こうとし、奉行として剛勇の武将である平景清が下向したが、眼病にかかり苦悩が甚だしかった。そこで斎戒浄身し菅公に一心に祈っていたところ夢の中でお告げがあり、まもなく全快した。それからは厚く菅神を信仰し鎮座として富田城内に社殿を建立し祀った。以後富田城内に長く祀られていた。
　その後、堀尾吉晴公が慶長年間（1603年ごろ）富田城を松江の亀田山（現在の松江城の地）へ移されることとなった。吉晴公は白潟に地を選び当社も奉遷された。奉遷後は、歴代松江藩主の厚い尊崇を受け、藩費により造営・維持が行われていた。廃藩後は門前町である天神町を始めとする市内外の多くの崇敬者により維持されてきている。
　江戸時代以来庶民の崇敬も厚く、学問の祖神として広く信仰されているが、創建の故事から眼病の神として、配祀神の御神徳から病気平癒の神としても崇められている。