松原神社は安永元年(1772年)6月1日創建、鍋島家の始祖鍋島直茂命を奉祀し『日峯大明神』と号した。
文化14年(1817年)9月祖父鍋島清久命、直茂公室彦鶴姫命を合祀、さらに明治5年に第一代藩主鍋島勝茂命を合祀し、『松原神社』と改められた。
鍋島直正の歿後の明治6年(1873年)、直正の威徳を賛え、鍋島家の祖先を祀る松原神社に南殿を造営し、直正を祀った。昭和4年(1929年)、直正を祀る別格官幣社・佐嘉神社の創建が決定した。昭和8年(1933年)に現在地に社殿を造営し、松原神社の直正の霊を遷座した。昭和23年(1948年)、松原神社南殿に祀られていた直大の霊を佐嘉神社に合祀した。

佐嘉神社と松原神社は別の神社として運営されていたが、昭和36年に運営を一本化した。