当宮の創始年は不詳であるが、遙か昔の人々は洋々たる海の彼方、海神の国（ニライカナイ）の神々に日々風雨順和にして豊漁と豊穣に恵まれた平穏な生活を祈った。
　その霊応の地、祈りの聖地の一つがこの波の上の崖端であり、ここを聖地、拝所として日々の祈りを捧げたのに始まる。波上宮の御鎮座伝説に『往昔、南風原に崎山の里主なる者があって、毎日釣りをしていたが、ある日、彼は海浜で不思議な"ものを言う石"を得た。以後、彼はこの石に祈って豊漁を得ることが出来た。この石は、光を放つ霊石で彼は大層大切にしていた。
　このことを知った諸神がこの霊石を奪わんとしたが里主は逃れて波上山《現在の波上宮御鎮座地で花城と(はなぐすく)も呼んだ》に至った時に神託(神のお告げ)があった。即ち、｢吾は熊野(くまの)権現也(ごんげんなり)この地に社を建てまつれ、然(しか)らば国家を鎮護すべし｣と。そこで里主はこのことを王府に奏上し、王府は社殿を建てて篤く祀った』と云う。
　以来、中国･南方･朝鮮･大和などとの交易(琉球王府直轄事業)基地であった那覇港の出船入船は、その都度、波上宮の鎮座する高い崖と神殿を望み、出船は神に航路の平安を祈り、入船は航海無事の感謝を捧げたという。また人々は常に豊漁、豊穣を祈り琉球王府の信仰も深く、王みづから毎年正月には列を整え参拝し、国家の平安と繁栄を祈るなど朝野をあげての崇敬をあつめ、琉球八社(官社)の制が設けられるや当宮をその第一に位(くらい)せしめ、｢当国第一の神社｣と尊崇された。
　明治の御代になるや、同23年官幣小社に列格し、沖縄総鎮守としてふさわしい社殿、神域の結構を見るに至ったが、先の大戦で被災した。
　戦後は、昭和28年に御本殿と社務所が、同36年には拝殿が再建された。そして平成5年、平成の御造営により、御本殿以下諸社殿が竣工。翌年5月、諸境内整備が完工した。