社伝によれば、承和年中（834～48）に初めて社殿が造られ、天仁2年（1109）に神宮寺の七堂伽藍が建立されましたが、源平の争乱時の元暦元年（1184）、緒方惟栄によって社殿が破壊されたといわれています。
その後長く記録が途絶えますが室町時代になると、豊前国をも領した周防・長門の守護大内氏によって、応永～永享年間（1418～31）及び天文年間（1532～55）の二度にわたって社殿の再興が行われました。ついで、慶長5年（1600）黒田氏の転封後入部した細川忠興公は宇佐宮とともに薦神社の復興にも力を注ぎ、元和年間（1615～24）に本殿・講演堂（申殿）・回廊・御炊殿・薬師堂・楼門・若宮殿・南門・鳥居などを造営しました。復興された薦神社境内の様子は、その時に描かれた『宇佐宮絵図』にうかがうことができます。細川氏の復興した楼門が現在の神門で、国の重要文化財に指定されています。
明治20年の「薦神社明細図書」には幕末以後造営された社殿の記載があり、若宮社・祇園社・呉橋・馬屋・玉垣・黒男社・井戸館などの建物がみられます。
その後二度にわたる大戦とその後の混乱の中で社殿の老朽化が進んだため、平成7年から神門（重要文化財）の解体修理、9年から拝殿・申殿などの修理を行ってまいりました。
なお、昭和51年三角池と薦神社が県の史跡に、55年には三角池の水生・湿池植物群落が県の天然記念物に指定されています。

中津駅から大交北部バス大貞、少年院、田中方面行き「薦神社前」下車

 1月 1日　正月
 2月11日　鎮疫祭
 3月12日　祈年祭　植樹祭
 4月21日　例祭
 6月30日　大祓
9月第3土・日曜日　仲秋祭
11月 1日　菊花展
12月11日　新掌祭
12月31日　大祓 除夜祭