当寺は長岡京市粟生にある、西山浄土宗総本山光明寺の末寺である。
創建は天正4年（1576年）の頃とおもわれる。室町時代、この辺りは丹波守護波多野氏の勢力下にあり、その武将長澤氏の領地となっていた。長澤氏一族は南桑田郡一帯に城を構えていたが、天文年間（1530年代）に長澤市正が今の西迎寺の地に館を構え移り住んでいる。
　しかし永禄3年（1560年）の戦いで市正が討たれたため、その弟「少納言房松雲」がここに庵をむすび、嵯峨野の二尊院より明阿上人を招き開基とし、自らは二世となって兄の菩提を弔った。
　この御縁により、当寺の本尊は二尊院と同じく、阿弥陀仏・釈迦牟尼仏の二尊の立像となっている。
また、左脇には春日観世音菩薩が祭られ、洛西観音霊場札所の四番目の札所である。