当旦椋神社は、養老四年(720)の日本書紀に栗隈県の大溝(栗隈大溝)の東側(地名旦椋)に、古社としてあったと伝えられていますが、この社は天文十九年(1550)に消失しました。
  現在の社は、大久保町旦椋の地より永禄九年(1566)にこの地に移転再興されたことが、吉田兼右の『兼右卿記』に見えます。
また、延喜年間(901〜923)に編纂された『延喜式』に記載されている神社を延喜式内社とよび、旦椋神社もその中のひとつです。
  本殿は延宝二年(1674)に改築されたもので、京都府登録有形文化財(昭和六十年５月)に指定されました。