782年（延暦元年）に桓武天皇の勅願により天台宗の僧で最澄の弟子である最仙によって創建されたと伝えられ、中世から近世にかけて、末寺30余カ寺を有して寺運は興隆し天台宗の中心的な寺院のひとつとなった。鎌倉時代中期、比叡山の無動寺から慶弁阿闍梨が来て七堂伽藍を造営し、京都の曼殊院の門跡忠尋大僧正が、乱を逃れてこの西蓮寺に来てとどまり、曼殊院の額を山門に掲げたと伝えられる。境内に建つ相輪橖は日本三相輪橖のひとつで、慶弁が元寇の役で勝利したことを記念して、信者の浄財によって建立したと伝えられている。江戸時代には江戸幕府から朱印状を与えられていた。1883年（明治16年）の火災により、本堂・薬師堂などを焼失したが、山門（1543年建立）と相輪橖（1287年建立）は焼失を免れた。現在の本堂・常行堂・鐘楼・客殿などは、火災後の再建によるものである