景行天皇の御宇創立。
文武天皇大宝二年勅を奉じて黒戸奈神社とする。
それよりこの地方を黒戸奈村と称へた。
中古社号黒尸奈の尸に一点を加へ延喜式神名帳に黒戸那神社と記載され後に黒戸奈神社と称するに至る。
延喜年間祈年新嘗の班幣を受け式内社に列せられる。
康平六年源頼義の心願により宮殿の造営あり。
その後新羅三郎義光以来鎮護神として崇敬を受け慶長八年三月一日徳川家康より国家祈念社中造営として朱印神領二石八斗八升を寄進せらる。

（山梨県神社庁の神社紹介ページより引用）