愛宕神社は明治以前には「愛宕権現（社）」「愛宕勝軍（大）権現」「愛宕勝軍地蔵権現」などと呼ばれていました。
創祀年代は不明ですが、武田信玄の命令により、古府中の聖道小道路に躑躅ヶ崎館の鬼門守護のため祀り、相模国愛宕山からもってきた地蔵菩薩を安置したことが始まりと伝えられています。
武田氏滅亡後の天正12（1584）年、徳川家康が尾州へ出発する際、戦陣祈祷のために奉行の成瀬吉右衛門と日下部兵右衛門によって現在地え移され、仮殿が建てられました。
また甲府城築城に際し鬼門除の守護神として祀られるようにもなりました。