当社は、『延喜式』に記される牟婁郡内の海神三神を祀る古社で、古代より海上交通の守護神として崇敬されていた。
社伝には「神功皇后三韓を伐ちて御凱神の帰途、都で忍熊王の謀反をおこしていると知り、皇后は武内大臣に皇子（応神天皇）を守護し紀伊に趣かしたが、南海に漂うた末に当地の旧名大水門浦に着かれ、そのときに当地に住吉三神の大神を祀られ海神社御本之宮と称した」という。
神領は往昔7反であったが、天正年間以後2石となった。
江戸時代は海神社とか本ノ宮といわれ、大島・出雲・串本3ヵ村の氏神として崇敬された。
明治初年の神仏分離の動きの中で、社名を現在の潮崎本之宮神社と定めた。
明治6年4月村社となる。
同40年4月、神饌幣帛料供進社に指定された。
同43年2月一村一社の神社合祀で、村内の小社（袋の恵美須神社・中地の戎神社）を境内社に合祀する。
大正3年2月、会計法適用社にも指定された。
翌4年9月、郷社に列せられる。