金堂でいただける御朱印は、真ん中に梵字と薬師如来、右下に高野山、左に大伽藍　金堂と書かれ、真ん中に梵字の印、左下に高野山大伽藍御共所の印が押されています。
大塔でいただける御朱印は、真ん中に梵字と大日如来、右下に高野山、左に大伽藍　根本大塔と書かれ、真ん中に梵字の印、左下に高野山大伽藍御共所の印が押されています。