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日本橋本町には江戸時代から薬種問屋が軒を連ね、現在でも製薬会社の本社・支社などが集まる「薬の町」としての顔を持つ。
本町の薬品業界では、薬祖神とされる大己貴命・少彦名命を祭神とする大洗磯前神社、酒列磯前神社、上野の五條天神社を崇敬してきた。
1908(明治41)年に東京薬種貿易商同業組合(現東京薬事協会の前身)は、五條天神社から御霊を迎え大祭を斎行し、1929(昭和4)年11月に事務所新築の際、その屋上に薬祖神社社殿を造営した。
戦前まで大祭には数千人を集め、頒布される縁起飾りもほとんどの参詣者が求めるなど隆盛をみた。
終戦後の1954(昭和29)年｢薬祖神奉賛会｣が結成され、薬貿協会による祭典業務が奉賛会に引き継がれている。
1983(昭和58)年、昭和薬貿ビル(日本橋本町3-4-18)屋上に旧社殿が造営された。
さらに2016(平成28)年9月28日、「（仮称）日本橋本町二丁目特定街区開発計画」に伴って整備された「福徳の森」に遷座した。

現地に社務所はなく、御朱印や授与品の頒布はない。
五條天神社、福徳神社および東京薬事協会でも御朱印対応はされていない。