国家守護・皇后御産土神・住民擁護の祟社として東叡山大明院(公弁法親王・第5代輪王寺宮※注2)によって、京都・上御霊神社より御分霊が勧請奉斎されたことに始まる。
江戸時代中期の1710(宝永7)年、当地が輪王寺宮の御隠殿用地とされた際、上野より現在地に遷された。
しかし輪王寺宮が薨去したため御隠殿は廃止され、跡地は菜園となり「大根畑」「御花畑」と呼ばれた。
そのまま残された当社は「畑の稲荷」「大根稲荷」「新花稲荷」などと通称され、住民に篤く崇敬されたという。
明治維新後は旧湯島新花町の氏神とされ、御霊八所神社と称していたが、1923(大正12)年に御霊神社と改称している。
1945(昭和20)年、空襲により社殿一切が灰燼に帰したものの戦後仮殿にて再興、1970(昭和45)年に現社殿が再建された。

宝永7年（1710年）