天喜二年(1054)創建とされるが，それ以前に上古，社殿脇の「神鳴石」を依代として原初祭祀が行われたと伝わる。
小谷城の守護神として崇敬され，但馬守顯長が永正元年(1504)社殿造営。江戸期には領主戸田氏が崇敬，天保十三年1842「雷電大権現」の大幟を寄進。翌年拝殿新築。
明治十年(1877)暴風で大破するも翌年改築。
明治四十二年(1909)厳島神社を，大正十年(1921)八雲神社を合祀。
大和両神代神楽が伝わる。