古く山岳信仰盛んなころ修験道の霊地として開かれ、人々の深い信仰を集めてきた。
明和八年(1771)小野清雲が小石祠を建立、寛政元年(1789)間口約五尺高さ六尺余の総欅造御本殿並に間口約三間奥行き二間半の木造拝殿を構社により建立。文化三年(1806)小野清典が本地仏薬師如来を守る十二神将を納めて以来十二山と呼ぶ。
【十二山信仰】
根本山には大山祇命が祀られており、その本地仏である薬師如来を守護するために、当地に十二神将が祀られるようになり十二山と呼ばれるようになった。
根本信仰の対象の一つではあるが、根本山神社と十二山根本山神社は前宮・奥宮といった関係ではなく平行して信仰されてきた。
距離や方向の関係からか、特に佐野方面からの信仰が篤かったようである。昭和六十一年に奉納祭が行われた時も佐野朝日森天満宮の宮司が祭祀を行ったようである。

根本山信仰の神社の一つ。

明和八年(1771年)

小野清雲

10月頃　例祭