統治は渡良瀬川の氾濫流域に位置していたが、江戸時代初期に開発が進み、寛永一二（一六三五）年、村民が加賀国白山比咩神社より白山権現を勧請した。
神仏分離令で白山大権現から現社名に改称。明治四〇年、神饌幣帛料供進社に指定された。
同年、無格社厳島神社二社・琴平神社・天満宮・八幡宮・大天伯神社を合祀。同四二年、稲荷神社を合祀した。

【別伝】
この神社は元々は百済神社という社名だったが、当時の村民はくだらじんじゃと読むことができず、ひゃくさいさまと呼んでいたと言う。
その後江戸時代の役人が神社調査の折に「ひゃくさい」の文字が判らず、音の似ている白山を当ててしまったことから、こちらの神社は白山神社になってしまった。
また、白山は歯苦散に通じるということで、歯の痛みに霊験があるとされている。