『栃木県神社誌』平成18年版では慶長三年(1598年)創建としているが、『下野神社沿革誌』では室町幕府の初代征夷大将軍（1338年-58年）足利尊氏に社領を没収されたとあり，もっと古い時代の創建らしい。
明治五年(1872年)に天照大神宮から御厨神社と改称。
明治四十一年(1908年)無格社七社を合祀，四十二年には雷電神社，稲荷神社を合祀。
昭和十四年(1939年)渡良瀬川氾濫で社殿流失したため福富町の御厨神社より御分霊を勧請。
昭和二十一年(1946)拝殿幣殿改築，昭和二十九年(1954年)本殿改築。
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【別伝】
本社は往古、天照皇大神宮と称し松井家にて奉仕し、由緒等も明かなりしも、貞享元年(1684年)十月二十八日松井家火災により由緒書が消失。
往古は盛大なる社にして社領も持っていたが、足利尊氏に没収される。
明治五年七月、松井家八代孫峯尊氏に至り、天照皇大神宮を御厨神社と改称したい旨を栃木県庁へ出願し、許されて御厨神社となる。