この寺の宗派は真言宗で開山（かいさん）は不祥ですが、明暦（めいれき）年間（1655～1658）尊誉（そんよ）上人を中興（注1）の祖師（そし）としています。寺伝によると弘法大師（こうぼうだいし）（空海）(774～835)が,修善寺の独鈷（とっこ）の湯を発見の途中、この薬師院に留（とど）まったと言われ、本堂左手に弘法大師坐像が安置されています。また、その傍に弘法大師が座したと伝えられる｢こしかけ石｣があります。
　昔、竹林寺小路（ちくりんじこうじ）にあった「竹林寺」という寺が応永年間（1394～1427）にここに移り、楊林山薬師院と号しました。元は、愛染院（あいぜんいん）の末寺（まつじ）でしたが、明治維新の廃仏毀釈（はいぶつきしゃく）（注2）によって、本山愛染院が廃寺となったので、これを引き継ぎ、真言宗高野山金剛峯寺（こんごうぶじ）の末寺となりました。また、大正初期にはすぐ西隣にあった観法寺（かんぽうじ）という寺を合併し、現在に至っています。したがって薬師院本尊の薬師如来（やくしにょらい）、観法寺本尊の観世音菩薩（かんぜおんぼさつ）、愛染院の護摩本尊不動明王（ごまほんぞんふどうみょうおう）の3体を祀（まつ）っています。

（注1）いったん衰えた事を再び盛んにすること。また､その人
（注2）仏法を廃し、釈尊（しゃくそん）（おしゃかさま）の教えを棄却すること。 慶応4年（1868）3月神仏分離令が出され、これに伴って神社と仏寺との間に争いが起こり、さらに寺院・仏具・経文などの破壊運動が起った。