神武天皇の御代、近江日野の東方「綿向山」に出雲国開拓の祖神を迎え祀り、欽明天皇６年(545)その頂上に祠を建てたのが始まりと伝える。
その後、平安時代の延暦15年(796)に里宮として現在の地に遷し祀られたという。以来、延喜式神名帳にもその名が見え、蒲生上郡の総社、日野の大宮としていつの時代も当地の産土神としての人々の信仰の中心となってきた。
鎌倉時代から安土桃山時代、この地の領主であった蒲生氏一族は氏神として当社を尊び庇護し、江戸時代には全国に名を馳せた近江商人の中の日野商人の財力に支えられ、出世開運の神として崇敬が集められた。
明治９年郷社、明治42年県社に列せられた。
綿向山山頂に祀る奥宮は古来より20年毎に建て替える式年遷宮が今も続けられている。

<3>猪の像</h3>
欽明天皇の御代、蒲生稲置三麿、山部連羽咋が綿向山の山中で白髪の老人と遭遇します。老人が出雲の国より渡来した開拓神を名乗った事により二人は祠を建立。老人と遭遇する前、二人は猪の足跡を発見していた事に因み、猪は神様の使いとみなされ、以来馬見綿向神社の社殿、神輿などの装飾として使われています。
平成19年には氏子の奉納された大きな猪像があります。