大戸川の北側、瀬田丘陵南麓に位置する石居の集落内にあります。
現在、東西１１．７ｍ、南北７．０ｍの基壇と石積みの上に、１９個の礎石が残されています。南西西半分は、一部が削られていますが、基壇上の建物は、桁行（東西）５間×梁間（南北）３間と推定されす。
附近の遺構や小字名から、この一帯に大規模な伽藍をもつ寺院が存在したことは確実で、基壇を金堂跡として、前面（南面）の東西に塔と小金堂を配する「川原寺式」か、東塔と西塔を持つ「薬師寺式」の伽藍を持つ寺院であったと考えられています。
出土品の中には、瓦や泥塔、塼仏、塑像片などがあり、この寺院は、白鳳期（７世紀後半）に建立され、少なくとも平安時代までは存続していたようです。
昭和四十六年（1971）八月、大津市の史跡に指定されました。

白鳳期（七世紀後半）