太古の頃、伊弉諾尊がこの地に降りられ長等山の地主神となられました。
この神は常に三つの腰帯をつけておられ、その色は赤・白・黒その形は三つの尾をひくのに似ていたので三尾明神と名づけられました。
ある時、その三つの腰帯が赤尾神・白尾神・黒尾神となられ、その中で赤尾神が本神とされ、三井寺山中琴緒谷(ことおだに)に出現。それが卯の年・卯の月・卯の日・卯の刻・卯の方角より現れたため、当社の使いとして瑞祥の神獣である兎が選ばれたと伝えられいます。
白尾神は文武天皇の大宝年中に、黒尾神は称徳天皇の神護景雲3(769)年3月14日（第二の卯の日）の出現とされています。

<h3>卯年生まれの守護神</h3>
境内にはあちらこちらにウサギがいます。夫婦ウサギ、神紋も真向きのウサギ、御手水も…。